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🌰Re:3991◆シェルにログインするなどして、シンボリックリンクを作成できるなら、サーバによっては実現できるかもしれません。ただ、たぶんレンタルサーバ等では（たとえシンボリックリンクを作成できても、実行が拒否される結果として）実際には機能しない気がしますが。
例えば、以下のような構造でファイルを配置します。
上記のようなディレクトリ構造を作ると、 tegalog.cgi ファイルと fumycts.pl ファイルの実体は、baseディレクトリに1セット置くだけで済みます。tegalogAディレクトリやtegalogBディレクトリにあるのは、あくまでも、baseディレクトリにある実体ファイルを参照しているだけですから。
このようなリンクを作成してプログラムを実行できる環境なら、お望みのようにバージョンアップ作業は1回だけで済みます。ただ、レンタルサーバではこのような方法でのプログラムの実行は拒否されるのではないかと思いますので、たぶん動作はしない気がします。もしうまくいくサーバがあったら教えて下さい。(^_^;)