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🍰Re:4237◆おおぅ。たしかに改行が消えていますね。詳しいキャプチャ画像をありがとうございます。よく分かりました。
フリースペースに入力なさっているHTMLソースは、おそらく別のテキストエディタ等でお書きになったものをコピー＆ペーストされていますよね？ どんなエディタをお使いでしょうか？
あと、もしかしてスキンの適用云々を経なくても、①「多目的フリースペース」欄にペースト→②「設定を保存する」ボタンクリック→③「管理メニューに戻る」→④「設定」→⑤「フリースペース」のように保存後すぐに再度フリースペースの設定画面を見た場合でも改行は消えていないでしょうか？
「多目的フリースペース」欄に入力されたソースを保存する処理では、一旦、改行コードを別の文字列に置き換えているのですが、このとき [CR＋LF] のセットを改行コードとして決め打ちしています。（※これは少々問題のある処理ですね。次のバージョンで改善します。Macユーザの方とか動作は大丈夫ですかね……？^^;）
なので、もしかして、お使いのテキストエディタが（保存時ではなく画面上でコピーする際にも）改行コードとして [LF]だけ や [CR]だけ として扱っている場合には、コピー＆ペーストすると（ブラウザの画面上では改行できていても）保存したときに改行が正しく認識されずに、改行がないものとして処理されている（＝改行が消える）のかもしれません。
※➊テキストエディタ側の仕様なのか、➋ブラウザ側の仕様なのか、➌その両方が合わさった場合にだけ発生するのか、は分かりませんが。これまで長年、同種の報告がなかったことを考えると、➌なのかもしれません。
もし上記が原因だとすれば、以下のⒶ～Ⓓのどれかの方法で回避できるかもしれません。
というか、試しに、「多目的フリースペース」欄を一旦空っぽにした上で、（コピー＆ペーストはせずに）何か適当な文字列を複数行ほど入力してみて、それを保存して、問題が再現するかどうかをご確認頂くと良いかもしれません。それで問題が解消するなら、上記のⒶ～Ⓓのどれかで解決する気がします。
「別のフォルダにインストールしたてがろぐではこのような現象は起こりませんでした」というのが、ダミーの適当なソースを直接入力してみてお試しになったのなら、なお、上記の可能性が高そうな気がします。